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Organic Chemistry Lab 3D

教育 · 無料 · iOS & Android · CoddyKit

Organic Chemistry Lab 3D — 分子を回転させて、反応機構・キラリティー・スペクトルを学びます

Organic Chemistry Lab 3Dは、iPhoneとAndroidで使える無料の分子を回転させる化学ラボです。すべての形状、角度、R/S表記、IUPAC名、予測スペクトルは、アプリ独自の化学エンジンがデバイス上で計算します。あらかじめ用意された解答表を参照するものではないため、完全オフラインで動作します。

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価格
無料、Proへのアップグレード
対応プラットフォーム
iOSおよびAndroid
言語
10
年齢レーティング
4+
バージョン
1.0
必要環境
iOS 15.1以降
Organic Chemistry Labのホーム画面。41レッスン中0レッスンを表示し、「Why Carbon」のレッスンカード、Conformation Lab、Chirality Lab、Spectra Labのボタン、今日の3Dアセトアルデヒド分子、「Structure and Bonding」ユニットカードが表示されています。Organic Chemistry Lab 3DのReaction Bench画面。3Dのbromomethylbenzene分子、基質の選択肢、iodideやcyanideを含む試薬の選択肢、水やmethanolを含む溶媒の選択肢、25 degrees Cに設定された温度スライダー、そしてどの機構が優勢かを尋ねるプロンプトが表示されています
44つのツール
54分子ライブラリ
416ユニットにわたるレッスン
有機化学は三次元の世界です。平面のページだけでは、その理由を示せません。

脱離が起こるには、水素がアンチペリプラナーになっていなければなりません。カルボカチオンは、脱離基がどちらの面にあったかという情報をすべて失います。2つの構造式は同じ分子の場合もあれば、真の鏡像の場合もあります。モデルを回転させるまで、そのどれも目で確かめることはできません。

概要

Organic Chemistry Lab 3Dは、平面図ではなく回転可能な3D分子を通して有機化学を学べる、iOSおよびAndroid向けの無料アプリです。4つのラボ、Conformation、Chirality、Reaction Bench、Spectraでは、結合をドラッグしてNewman投影図とエネルギー曲線の変化を確認したり、優先順位が表示される前にRまたはSの帰属を決めたり、反応がSN1、SN2、E1、E2のどの機構で進むかを予測したり、予測されたNMR、IR、質量スペクトルから化合物を同定したりできます。6つのユニット、41レッスンで、構造と結合から芳香族化合物、分光法までを学べます。結合角、エネルギー、機構の判定といった計算値はすべて、保存された解答キーではなく、アプリ独自の化学エンジンから導き出されます。

アプリの内容

画面イメージ

Organic Chemistry Labのホーム画面。41レッスン中0レッスンを表示し、「Why Carbon」のレッスンカード、Conformation Lab、Chirality Lab、Spectra Labのボタン、今日の3Dアセトアルデヒド分子、「Structure and Bonding」ユニットカードが表示されています。
ホーム:レッスンを選ぶか、ラボを始める6つのユニットにわたる41レッスン。4つのラボと、回転させられる今日の分子にもワンタップでアクセスできます。
Organic Chemistry Lab 3DのReaction Bench画面。3Dのbromomethylbenzene分子、基質の選択肢、iodideやcyanideを含む試薬の選択肢、水やmethanolを含む溶媒の選択肢、25 degrees Cに設定された温度スライダー、そしてどの機構が優勢かを尋ねるプロンプトが表示されています
Reaction Bench:予測してから実行基質、試薬、溶媒、温度を設定し、SN1、SN2、E1、E2のいずれかを選んだら、反応が進む様子を見届けられます。
Organic Chemistry Lab 3DのModels画面。式C6H14、質量86.2、不飽和度0、stereocentre数0の3D 2,3-dimethylbutane分子、検索バー、pentane、2-methylpropane、cyclopropaneなどを含むスクロール可能な分子リストが表示されています
検索できる54分子すべての分子の式、質量、不飽和度、stereocentre数を、検索結果から取得するのではなく、デバイス上で計算します。
Organic Chemistry Lab 3Dの「Why Carbon」と題されたレッスン画面。carbonの4本の結合を説明し、nitrogen、oxygen、siliconと比較するテキストの横に、109.5 degreesで4本の結合がtetrahedronの頂点を指すことを示すキャプション付きの、回転可能な3D methane分子が表示されています
平面のページでは見せられないモデル通常の平面的な教科書の図の代わりに、その場で回転させられるmethaneのtetrahedral構造。

背景

官能基とは何でしょうか。また、有機化学はなぜ3D形状に左右されるのでしょうか。

官能基とは、ヒドロキシ基、カルボニル基、アミンのように、分子内で原子が特定の形に配置されたものです。分子の他の部分がどのような形であっても予測可能な反応を示すため、有機化学では何百万もの化合物を、扱いやすい数の反応パターンに整理できます。しかし、反応が進む理由、または進まない理由の多くは、どの原子が存在するかだけでなく、幾何学的な配置に左右されます。脱離を起こすには結合が適切な角度にそろっていなければならず、2つの分子が同一の分子式と同一の結合を持っていても、空間内での配置が異なるために、実際には別の物質である場合があります。

配座回転させた同じ分子

配座とは、単結合の周りを回転させるだけで生じる、1つの分子の異なる3D配置です。結合が切れることはありません。Newman投影図は、炭素-炭素結合を真正面から見下ろすように描くもので、こうした回転によって鎖のエネルギーやひずみがどう変化するか、またなぜねじれ形配座が重なり形配座より低エネルギーなのかを確認する標準的な方法です。

キラリティーとR/S重ね合わせることのできない鏡像

キラル分子には、重ね合わせることのできない鏡像があります。どれだけ向きを変えても左手と右手をぴったり重ねられないのと同じです。R/S体系では、CIP順位則に従ってキラル中心に結合した基を順位付けし、2つの鏡像のうちどちらを見ているのかを正確に表すラベルを各キラル中心に付けます。

SN1、SN2、E1、E2置換と脱離を4通りに分ける分類

この4つのラベルは、炭素から脱離基が離れる主な経路を表します。SN2は、求核剤が脱離基の反対側から攻撃する、1段階の協奏的な反応です。SN1は、平面状のカルボカチオン中間体を経由し、元の立体化学を失います。E1とE2はその脱離版で、新しい基に置き換えるのではなく二重結合を形成します。どの反応が優先するかは、基質、求核剤、溶媒、温度の組み合わせによって決まります。

構造解析スペクトルを逆に読み、構造を導き出すこと

構造解析とは、機器分析データから未知化合物の構造を明らかにするプロセスです。通常は、水素の置かれた環境を調べる¹H NMR、官能基を調べるIR、分子量とフラグメンテーションを調べる質量分析を使います。通常、3つのスペクトルのどれか1つだけで構造を特定することはできません。3つすべてにわたって、シグナル数、分裂パターン、主要なフラグメント質量を組み合わせることで、答えを1つに絞り込めます。

使い方

アプリの使い方

レッスンで概念を短いブロックに分けて説明した後、そのレッスンを作成したものと同じ化学エンジンを使う3Dモデルまたはライブ・ラボに進みます。

  1. レッスンを読んでから、モデルを回転させます

    各レッスンでは、テキストと回転可能な3D分子を組み合わせています。たとえばメタンでは、4本の結合が109.5°の正四面体の頂点を指します。文章で説明されている幾何学的配置を、ただ信じるのではなく、実際に回して確かめられます。

  2. 4つのラボのいずれかを実行します

    Reaction Benchでは、基質、試薬、溶媒、温度を設定し、どの機構が優先するかを予測してから実行します。すると、求核剤が脱離基から180°の方向から近づく様子を確認できます。Conformation Lab、Chirality Lab、Spectra Labでも、同じ「ドラッグして予測する」操作で、Newman投影図、R/Sの帰属、未知スペクトルを扱います。

  3. 分子ライブラリを閲覧します

    54分子を収録したModelsライブラリを名前または分子式で検索し、化合物の3D構造を、分子式、質量、不飽和度、立体中心の数とともに表示できます。各値は検索表から取得するのではなく、その都度計算されます。

内容

アプリに実際に収録されているもの

4

4つのツール

Conformation Lab、Chirality Lab、Reaction Bench、Spectra Labは、誰でも利用できます。それぞれ、実際の変数をドラッグし、計算された結果がどう連動するかを確認できるように作られています。

54

分子ライブラリ

54分子を名前または分子式で検索し、それぞれの3D構造、分子式、分子量、不飽和度、立体中心の数を確認できます。すべての値はデバイス上で計算されます。

41

6ユニットにわたるレッスン

Structure & Bonding、Naming & Conformation、Stereochemistry、Substitution & Elimination、Alkenes & Alkynes、Aromatics, Carbonyls & Spectraの6ユニットで、混成から完全な構造解析までを学びます。

0

検索による参照はありません

すべての角度、エネルギー、R/S表記、IUPAC名、機構の判定、予測スペクトルは、あらかじめ用意された解答表から取得するのではなく、アプリ独自の化学エンジンが計算します。そのため、通信がまったくない環境でも動作します。

AI

1つに絞ったAI機能

ボタンを押すと、計算された答えがなぜその答えになるのかを文章で説明します。AIに答えを尋ねることはありません。答えはすでにエンジンが決定しており、AIは説明を文章にするだけです。

オフ

完全オフライン

サーバーから何かを検索することはないため、レッスン、ラボ、分子ライブラリ全体を、電波の届かない場所でも利用できます。電車の中でも、地下の図書館でも使えます。

適しています

向いている方・向いていない方

次のような方におすすめです

  • 初級または中級のorganic chemistryコースを受講していて、紙の上では3Dのイメージをすぐ見失ってしまう方
  • 答えを教えられる前に反応機構を予測し、その後で自分の答えを確かめたい方
  • 平面的な図からR/Sの割り当てやNewman projectionsをイメージするのが難しい方
  • 実際の問題演習で求められる方法で、NMR、IR、mass spectraの読み取りを練習したい方
  • 電波の届かない場所や通勤中、試験会場の待合室でも使える学習ツールが必要な方

次のような方には適していません

  • 標準的な相関表から予測された値ではなく、実際に機器で測定・記録されたspectraを使いたい方
  • 41レッスンすべてに無料でアクセスしたい方 — ProではUnit 1以降のレッスンと各ユニットの最初のレッスン以外がアンロックされます
  • 無機化学や物理化学の内容が必要な方 — このアプリはorganic chemistryに特化しています
  • AIに正解を答えてほしい方 — AIは、エンジンがすでに計算した答えを説明するだけです

ご質問

よくある質問

3Dでorganic chemistryの反応機構を学ぶのにおすすめのアプリは?

役に立つかどうかを見極めるには、アプリが3Dモデルと判定をその場で計算するのか、それともケースごとに事前レンダリングされたアニメーションを再生するだけなのかを確認するのがポイントです。Organic Chemistry Lab 3Dは、独自のchemistry engineであらゆる角度、エネルギー、R/Sラベル、反応機構の結果を計算します。そのため、Conformation Labで結合をドラッグしたり、Reaction Benchで条件を設定したりすると、その場で導き出された結果が表示されます。6つのユニットにわたる41レッスンを収録し、iOSとAndroidで無料、完全オフラインで利用できます。

SN1、SN2、E1、E2はどう見分けますか?

SN2は、1段階で進む協奏的な反応です。強い求核剤が脱離基とは反対側の面を攻撃し、primary基質とpolar aprotic solventで有利になります。SN1は、平面状のcarbocation中間体を経由し、tertiary基質とpolar protic solventで有利になる反応で、その過程で元の立体化学を失います。E1とE2はそれぞれに対応する脱離反応で、新しい置換基ではなく二重結合を形成します。E2では、脱離する水素が脱離基に対してanti-periplanarに位置している必要があります。Reaction Benchでは、基質、試薬、溶媒、温度を設定し、4つのうちどれが優勢かを予測してから実行し、機構が展開する様子を確認できます。

キラリティーにおけるRとSは何を意味しますか?

RとSは、chiral centre(4つの異なる基が結合したcarbon)における、2通りの配置を示すラベルです。CIP priority rulesに従い、atomic numberを基準に4つの基の順位を決めます。そのうえで、最も優先順位の低い基を自分から遠ざけたとき、最高順位から最低順位へ向かう順序が時計回りならR(Latin語のrectusに由来)、反時計回りならS(sinister)です。Chirality Labでは、優先順位を表示する前にRかSを選ぶ必要があるため、答えをパターンで当てるのではなく、構造を考えて判断することになります。

cyclohexaneのchairにaxialとequatorialの両方の位置があるのはなぜですか?

cyclohexane環は、最も低エネルギーのchair conformationになると、各carbonの結合角を理想的な109.5°に近く保ちます。それでも各carbon上のhydrogen(またはsubstituent)は、2つの異なる方向を向きます。axialは環に対しておおよそ垂直、equatorialは環の平面内におおよそ沿う方向です。環が反転すると、すべてのaxial位置がequatorialに、equatorial位置がaxialに入れ替わります。また、かさ高いsubstituentはより余裕のあるequatorial位置を好むため、どちらのchairが有利かは結合しているものによって決まります。Conformation Labのcyclohexaneモデルでは、axial groupsを見つけ、反転によってどちらのchairが有利になるかを確認できます。

Organic Chemistry Lab 3DのNMR、IR、mass spectraはどの程度信頼できますか?

これらは実際の機器で記録されたものではなく、標準的な相関表から予測されたものであり、表示される場所ではそのことが明記されています。そのため、構造決定で実際に重要となる、シグナルの数、分裂の仕方、積分、存在するcarbonylの種類については信頼できます。一方、正確なchemical shiftの小数点以下の細かな値は近似です。Spectra Labは、実際の問題演習で求められるように、まさにこのような定性的な読み取りから化合物を特定することを中心に設計されています。

Organic Chemistry Lab 3Dは無料ですか?

はい。Unit 1の全レッスン、その他すべてのユニットの最初のレッスン、制限なしで使える4つのラボ、54分子ライブラリ全体、1日3回のAIによる説明を、App StoreとGoogle Playの両方で無料で利用できます。Proでは残りの30レッスンと無制限のAI説明が追加され、広告も表示されなくなります。また、ペイウォールは表示される場所でいつでもスキップできます。

Organic Chemistry Lab 3Dはインターネット接続なしで使えますか?

はい、完全に使えます。すべての形状、角度、エネルギー値、名称、反応機構の判定、予測spectraは、サーバーから取得するのではなく、デバイス上でアプリ独自のchemistry engineが計算します。そのため、レッスン、ラボ、分子ライブラリは、電車内でも、電波の届かない地下室でも、機内モードでもすべて利用できます。

Organic Chemistry Lab 3DのAI機能は、実際には何をしますか?

計算済みの答えがなぜ正しいのかを、平易な言葉で説明します。たとえば、設定した条件でなぜ特定の反応機構が優勢になったのか、といった内容です。AIに答えを決めさせることは決してありません。chemistry engineがすでに決定論的に答えを導き出しており、AIはそれを言葉にするだけです。そのため、流暢に聞こえる誤った説明が正しい答えの代わりになることを防げます。

Organic Chemistry Lab 3Dは誰向けに作られていますか?

初級または中級のorganic chemistryコースを受講しているすべての方(高校、大学、試験対策)と、紙の上ではこの科目が難しく、3次元ならもっと理解しやすいかもしれないと感じている方を対象としています。organic chemistryを学び始める学生が身につけている一般化学の基礎を前提に、hybridisationとfunctional groupsから、完全な構造決定まで段階的に学べます。

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